В структурно-геоложко отношение е съставена от хорст с гранитно ядро, покрито главно от стари метаморфни скали.
Най-старото познато име на планината е Орбелус – „белоснежна“, познато ни от траките, докато славяните са я наричали Перин или Перун. Според тълкуването на академик Владимир Георгиев името на Пирин идва от тракийската дума „перинтос“, което означава скала.
Пирин е разположен в югозападната част на страната между долините на реките Струма и Места. На север граница с Рила е седловината Предел, а на юг Парилската седловина отделя Пирин от планината Славянка. На североизток планината достига до долината на река Места с Разложката и Гоцеделчевската котловина и пролома Момина клисура, я отделят от Родопите. На запад и югозапад долината на река Струма със своите котловини Симитлийска и Петричко-Санданска и Кресненският пролом я отделят от планините Влахина, Малешевска и Огражден.
Площта ѝ е 2585 квадратни километра, която обаче е със силно нагънат релеф – с многобройни стръмни върхове, отвесни пропасти, дълбоки долини. На своята площ Пирин има 96 върха, чиято надморска височина е между 2500 и над 2900 м. Тя е сравнително компактна, малка планина, което се потвърждава и от голямата ѝ средна височина – 1033 метра. Дължината ѝ по права линия от северозапад на югоизток е 66 km, а максималната ѝ широчина в направление югозапад-североизток е 40 километра – от град Сандански до село Обидим.
Характерно за планината е наличието на единствено, добре изявено главно било, което се простира от Предела до Парилската седловина от северозапад към югоизток. Орографски то се допълва от четири именувани странични била – масивни разклонения на главното било.
Според съвременните научни схващания, от географска и геоложка гледна точка, Пирин е разделен на три дяла – северен, среден и южен. Дяловете са много неравномерни като големина и напълно неравнопоставени като атрактивност.
Езерата в Пирин са 186, като в северната част на планината има над 160, които са на голяма височина – повече от 2000 метра. Те са с ледников произход. Водите са бистри, студени и дълбоки.
Съчетала разнообразни климатични условия и релеф, Пирин планина е развила богат животински и растителен свят. В Пирин има редица животни, които са в Червената книга като застрашени от изчезване. Има също така и 18 растения, които се срещат само там. Край връх Вихрен е разпространен еделвайсът – рядко срещан и защитен вид.
Над половината територия на планината е съставена от девствени гори – мура, черна и бяла, бор – черен и бял, ела, смърч. Повечето са столетници до 500 години. Толкова обширни стари гори са рядкост в Европа. А в Пирин планина има и две мури, които са на повече от 1300 години.
В Пирин планина е разположен и обширен природен парк от 40 332 хектара, който е с национално значение и е оценен и като част от значимото световно наследство – включен е в списъка на ЮНЕСКО.
